Man könnte auch sagen, du bist nur zur falschen Zeit unterwegs. Kurz vorher oder hinterher wäre dir vielleicht nichts aufgefallen. Und ansonsten gilt wie immer: es muss nicht stimmen, was man glaubt.
Dass sich die Verantwortlichen in Selbstzufriedenheit wiegen, würde ich nicht sagen. Aber bestimmte Einflüsse auf das System kann kein noch so agiler Verantwortlicher abstellen. Der größte Störfaktor sind bekanntlich die Fahrgäste, die undiszipliniert sind, alle durch eine Tür einsteigen wollen, unterwegs Schwächeanfälle kriegen; andere Personen, die über Gleise latschen, in Tunnels hineinlaufen, sich das Leben nehmen wollen, Lufballons in die Fahrleitung aufsteigen lassen. Was die technischen Fehler angeht, sie sind schwer vorhersagbar. Wer will sagen, wann bei welchem Streckenkilometer welches Signal, welche Weiche, welcher Isolator oder was sonst noch seinen Geist aufgibt.
Auswirkungen von Verspätungen im Fernverkehr auf die S-Bahn sind ein bekanntes Problem, an dessen Lösung bekanntlich vielerorts gearbeitet wird; spät zwar, aber doch. Und welche anderen "zahlreichen Probleme" du meinst, wäre interessant zu lesen, vielleicht auch versehen mit einem klugen Vorschlag zur Behebung.