Dann doch lieber so herum: S-Bahn unter die Erde legen (also vom Lokalbahnhof kommend unten bleiben und eine neue unterirdische S-Bahn-Station noch unter der U-Bahn bauen), und schon ist oben der Platz für mehr Regional- und Fernverkehr da.
So wie jetzt der Citytunnel aus Kapazitätsgründen jetzt ein wichtiges Thema ist, ja fast schon gesetzt ist, so wird eine unterirdische S-Bahn-Station Südbahnhof auch irgendwann ernsthaft in Erwägung gezogen werden.
Dann hast du aber immer noch das Problem, das auf den anschließenden Strecken bzw Weichenbereichen die Kapazität endlich ist. Nordmainisch - Flughafen gibt Konflikte mit OF-Hbf - F-Hbf.