Es sind üblicherweise keine 3%, sondern je nach Land 6-8%. Trotzdem läßt sich damit Deine Frage nicht beantworten. Die Zuschläge sind dafür da, eben solche Sachen wie baustellenbedingte Langsamfahrstellen, Anschlußaufnahmen etc. auszugleichen. Jedoch ist irgendwann immer ein Punkt erreicht, wo Dein Zuschlag nicht mehr ausreicht, weil zuviele Einflüsse vorliegen. Du kannst auch 100% Zuschlag machen, d. h. die Fahrzeit zwischen Frankfurt und Darmstadt sind dann nicht 17, sondern z. B. 32 Minuten. Aber wenn dann der Baum auf dem Gleis liegt und Du Umleitung via Riedbahn, Kopfmachen und Eichmühlkurve fährst, wird das vermutlich ebenso knapp werden.
De facto mußt Du ein sinnvolles Verhältnis zwischen planbaren und ungeplanten Ereignissen, Erreichen von Taktknoten, übermäßiger Verlängerung der Reisezeit etc. finden. Und da ist dann die Frage, ob es sinnvoll ist, die Leute jeden Tag 15 Minuten länger als nötig in der RB festzuhalten, obwohl ich diesen Puffer nur in 3% aller Fälle brauche, 14 Minuten in 5%, etc. ... Fahrpläne existieren ja nicht erst seit heute und aus der Erfahrung heraus haben sich diese jetzt genutzten 3, 6, 8, 10%... als sinnvoller Kompromiß herausgestellt. Aber bitte im Hinterkopf haben, daß ein Kompromiß eben nur ein Kompromiß ist und kein in Stein gemeißeltes "das muß dann immer funktionieren".
Wenn Du wissen willst, wie man es nicht macht, fahr nach Spanien. Die beste aller europäischen Eisenbahnen (Achtung, Sarkasmus) ist mit ihren zweieinhalb Zügen pro Tag und Strecke schon derart überfordert, daß alles unter 60 Minuten Umsteigezeit kein Anschluß ist. Wenn ich das also auf hiesige Verhältnisse umdichte, würde ich um 13.14 in Weiterstadt einsteigen, wäre dann um 13.21 in Darmstadt. Dort könnte ich aber nicht die RB um 13.30 nach Frankfurt nehmen, sondern erst die um 14.30, mit der ich um 14.48 in Frankfurt bin. Statt den ICE um 14.57 darf ich aber erst den um 15.58 Uhr nehmen, der um 20 Uhr in Hamburg-Dammtor ist. Dort warte ich dann bis 21.11 Uhr, um die letzten drei Minuten an die Sternschanze zu fahren. Oder so ähnlich. Na vielen Dank auch.